Bagian Organisasi dibentuk berdasarkan Peraturan Daerah Kota Madiun Nomor 03 Tahun 2016 tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah dan Peraturan Walikota Madiun Nomor 29 Tahun 2016 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Rincian Tugas dan Fungsi serta Tata Kerja Sekretariat Daerah sebagaimana telah diubah sesuai dengan Peraturan Walikota Madiun Nomor 21 Tahun 2018 tentang Perubahan Atas Peraturan Walikota Madiun Nomor 29 Tahun 2016 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Rincian Tugas dan Fungsi serta Tata Kerja Sekretariat Daerah.